Franciszek z Asyżu przyszedł na świat w rodzinie zamożnego kupca, sukiennika umbryjskiego Pietro Bernardone. Jego matka, Pika, pochodząca z Pikardii, nadała mu na chrzcie imię Jan, które ojciec zmienił na Francesco, prawdopodobnie będąc pod ogromnym wrażeniem Francji. Źródła podają, że Franciszek miał brata o imieniu Anioł. Pierwsze lata swego życia spędził w Asyżu. Uczęszczał do parafialnej szkoły przy kościele św. Jerzego, gdzie zdobył podstawowe wykształcenie.
Mając 21 lat, wziął udział w wojnie pomiędzy Asyżem a Perugią. Konflikt dotyczył wykupu ziemi komunalnej przez szlachtę asyską. Na przełomie 1202 i 1203 roku, w wyniku zdrady towarzysza, został uwięziony w Perugii. Uwolniony w 1204, ze względu na ciężką chorobę powrócił do Asyżu. Rok 1205 jest początkiem powolnego procesu nawrócenia Franciszka. W czasie wyprawy wojennej do Apulii, w Spoleto miał wizję, która zadecydowała o kolejach jego życia. Ze względu na nawrót choroby ponownie wrócił do Asyżu, gdzie hojnie obdarował spotkanego po drodze trędowatego i dał mu pocałunek pokoju.